営業所と車庫が都道府県をまたいでいる場合、距離制限は営業所所在地のルールにのっとるのでしょうか、それとも車庫の方のルールにのっとるのでしょうか

営業所管轄のルールにのっとります。たとえば、神奈川県川崎市に営業所があり、車庫が東京都(23区外)の場合、距離は20kmまで許容されます。逆に営業所が東京都(23区外)で、車庫が川崎市の場合は10km以内であることが必要です。

点呼は営業所で実施しなければならないのでしょうか

点呼の実施場所は法令で決められておりません。申請書ひな形の運行管理体制では、営業所か車庫のいずれかで点呼することと記載がありますが、別に営業所と車庫の間のどこかで対面点呼しても構いません。ただし、車両日常点検を終わった後でなければ正式な対面点呼とならないので注意が必要です。

役員法令試験は登記している役員しか受けられないのでしょうか

その通りです。登記されている役員の中から、ひとりだけ受験することができます。何人かで同じ日に受けることはできません。登記されていない執行役員などは受けることができません。法令試験実施日に役員でない人が受けて、後日確実に役員登記するということで進んだ事例もあります、そういう特例については運輸局に個別に相談してみてください。

車両使用権原書類は契約書でなくとも見積書では申請できないでしょうか

割賦契約書、リース契約書、売買契約書等は申請時点では見積書でも構わない運輸局が多いです。許可下りるまでには、見積書ではなく正式な契約書の提示が必要です。そもそも、未登記法人でも申請できる制度があるわけなので、未登記法人は当然、リース会社と正式な契約書は結べません。総合的に考えると、見積書が全国的に通用するはずです。

営業所は市街化調整区域でなければ問題なく認められるのでしょうか

市街化調整区域は認められるのは当然難しいですし、通常は無理です。しかし、市街化調整区域でなければいいということではありません。各用途地域により、建築可能な建築物が異なります。特に○○住居専用地域は住居部分が原則半分以上なければなりませんし、事務所部分の面積も制限があります。詳しくは市町村の開発許可担当部署に確認してください。

車庫は市街化調整区域でも問題ありませんか

車庫は市街化調整区域であること自体は問題ではありません。ただ、農地では当然いけません。山林は大丈夫です。市街化調整区域の場合、有蓋車庫(屋根付き車庫)は認められるのは難しいでしょう。